MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Synechococcus sp. CC9902 chromosome

Total Repeats: 4626

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007513	T	6	6	25	30	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007513	GTCT	2	8	62	69	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_007513	CTA	2	6	104	109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_007513	TGT	2	6	114	119	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007513	T	6	6	127	132	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007513	AAC	2	6	146	151	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_007513	ACC	2	6	173	178	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_007513	GCA	2	6	239	244	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_007513	TCGG	2	8	2159	2166	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_007513	CTC	2	6	8441	8446	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_007513	GAA	2	6	16978	16983	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007513	T	6	6	17051	17056	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007513	AGC	2	6	19242	19247	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_007513	ATG	2	6	20482	20487	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007513	TTGA	2	8	20490	20497	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007513	T	6	6	20508	20513	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007513	TAAG	2	8	20516	20523	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007513	GAG	2	6	20748	20753	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007513	ACA	2	6	20765	20770	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_007513	T	6	6	26401	26406	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007513	TCAT	2	8	27563	27570	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_007513	TCAA	2	8	27571	27578	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_007513	CTTC	2	8	27581	27588	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_007513	T	6	6	27597	27602	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007513	CCGTT	2	10	29730	29739	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_007513	TGCTG	2	10	31796	31805	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_007513	CTG	3	9	31812	31820	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_007513	GTT	2	6	31823	31828	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007513	TTAGT	2	10	32810	32819	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007513	GTG	2	6	32863	32868	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007513	TG	3	6	32978	32983	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007513	ATCG	2	8	33416	33423	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_007513	GTT	2	6	33424	33429	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007513	GTC	2	6	33527	33532	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_007513	GCG	2	6	35244	35249	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_007513	TGAA	2	8	35289	35296	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007513	GCA	2	6	35334	35339	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_007513	AGC	2	6	35398	35403	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_007513	T	6	6	35443	35448	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007513	GA	3	6	35477	35482	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007513	GGT	2	6	35889	35894	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007513	CAC	2	6	36536	36541	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
43	NC_007513	TGT	2	6	36550	36555	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007513	TGTTT	2	10	37164	37173	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007513	TTTTGA	2	12	37184	37195	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007513	GTA	2	6	37231	37236	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007513	TAA	2	6	37247	37252	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_007513	TC	3	6	38813	38818	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_007513	CTT	2	6	39936	39941	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_007513	A	6	6	41545	41550	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007513	TTC	2	6	41588	41593	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_007513	T	7	7	41676	41682	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007513	TAT	2	6	41699	41704	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007513	TG	3	6	42442	42447	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007513	CGT	2	6	42453	42458	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_007513	GTT	2	6	42566	42571	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007513	CTG	2	6	48475	48480	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_007513	CTA	2	6	48510	48515	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_007513	T	7	7	48522	48528	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007513	CAT	2	6	49647	49652	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_007513	GAAC	2	8	51129	51136	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_007513	TGCTC	2	10	51356	51365	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_007513	ACA	3	9	51379	51387	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_007513	TCT	2	6	54318	54323	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_007513	T	6	6	54351	54356	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007513	AGT	2	6	54358	54363	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007513	GAA	2	6	54386	54391	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007513	GGTTT	2	10	54402	54411	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007513	GGA	2	6	56994	56999	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007513	TTG	2	6	57046	57051	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007513	GA	3	6	57063	57068	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007513	AAT	2	6	57124	57129	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007513	AAGG	2	8	58465	58472	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007513	GTG	2	6	60567	60572	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007513	AGTG	2	8	60605	60612	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007513	CGG	2	6	61989	61994	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_007513	GCA	2	6	62001	62006	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_007513	TGA	2	6	62058	62063	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007513	CT	3	6	62078	62083	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_007513	CGG	2	6	62090	62095	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_007513	TTCAG	2	10	62120	62129	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_007513	T	7	7	64121	64127	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007513	CAG	2	6	68808	68813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_007513	CAG	2	6	68821	68826	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_007513	CAG	2	6	68854	68859	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_007513	AGC	2	6	68900	68905	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_007513	GTC	2	6	68922	68927	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_007513	CAG	2	6	68929	68934	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_007513	TGG	2	6	69241	69246	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007513	TTC	2	6	69296	69301	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_007513	CGT	2	6	69430	69435	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_007513	GCTGCG	2	12	69467	69478	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_007513	TGAT	2	8	70751	70758	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007513	TGT	2	6	70761	70766	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007513	AAG	2	6	70791	70796	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007513	ATA	2	6	70835	70840	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007513	TTG	2	6	70853	70858	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007513	GA	3	6	70978	70983	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007513	TGG	2	6	70988	70993	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007513	TTAG	2	8	71018	71025	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007513	CAG	2	6	71261	71266	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_007513	CAG	2	6	71274	71279	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_007513	T	6	6	75129	75134	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007513	TGG	2	6	75153	75158	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007513	TTTC	2	8	77280	77287	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_007513	TGT	2	6	77306	77311	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_007513	TGG	2	6	78510	78515	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007513	CAT	2	6	82246	82251	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_007513	CAG	2	6	82268	82273	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_007513	TGT	2	6	82277	82282	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_007513	TGC	2	6	82549	82554	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_007513	ACTTA	2	10	82583	82592	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_007513	AAT	2	6	82597	82602	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007513	A	7	7	82628	82634	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_007513	TTTA	2	8	82636	82643	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007513	TGTT	2	8	82659	82666	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007513	A	7	7	82686	82692	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007513	T	6	6	82693	82698	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007513	ATA	2	6	82718	82723	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007513	A	9	9	82762	82770	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_007513	GGAAT	2	10	82864	82873	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_007513	ATA	2	6	85597	85602	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_007513	TTTTA	2	10	96491	96500	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007513	ATT	2	6	102066	102071	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007513	T	8	8	102830	102837	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_007513	AAG	2	6	102855	102860	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_007513	CTT	2	6	102867	102872	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_007513	TA	3	6	103383	103388	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_007513	TTG	2	6	103425	103430	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_007513	TTA	2	6	103449	103454	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007513	TAC	2	6	103466	103471	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_007513	TCT	2	6	103481	103486	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_007513	TCT	2	6	103546	103551	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_007513	TTTA	2	8	104818	104825	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007513	T	6	6	104834	104839	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_007513	TTA	2	6	104842	104847	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_007513	TGT	2	6	104858	104863	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_007513	TTTTTA	2	12	104869	104880	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_007513	T	7	7	104903	104909	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_007513	T	8	8	104915	104922	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_007513	TGT	2	6	104934	104939	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_007513	TAT	2	6	104948	104953	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_007513	CTT	2	6	104983	104988	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_007513	T	7	7	104991	104997	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_007513	TGT	2	6	110332	110337	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_007513	TCCT	2	8	110361	110368	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_007513	TG	3	6	110371	110376	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
148	NC_007513	AAT	2	6	110440	110445	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_007513	CCTT	2	8	110478	110485	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_007513	TCT	2	6	110491	110496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_007513	CGCT	2	8	110497	110504	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
152	NC_007513	CGT	2	6	110513	110518	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_007513	CTTT	2	8	112737	112744	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
154	NC_007513	TGG	2	6	112791	112796	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
155	NC_007513	CACC	2	8	112819	112826	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
156	NC_007513	CT	3	6	112828	112833	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
157	NC_007513	CTT	2	6	120953	120958	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_007513	ATCTT	2	10	127114	127123	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
159	NC_007513	TC	3	6	127130	127135	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
160	NC_007513	C	9	9	127139	127147	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
161	NC_007513	TTG	2	6	129533	129538	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
162	NC_007513	T	7	7	129540	129546	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_007513	TTTTC	2	10	129564	129573	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
164	NC_007513	AT	3	6	129617	129622	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_007513	CTT	2	6	129688	129693	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_007513	CTT	2	6	129697	129702	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
167	NC_007513	TAT	2	6	129709	129714	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_007513	TAT	2	6	129718	129723	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_007513	TCT	2	6	129749	129754	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
170	NC_007513	T	6	6	131051	131056	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_007513	CTTC	2	8	131114	131121	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
172	NC_007513	TTCT	2	8	134896	134903	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
173	NC_007513	T	6	6	135832	135837	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_007513	TCC	2	6	135949	135954	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
175	NC_007513	TTGA	2	8	135981	135988	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
176	NC_007513	ATA	2	6	136126	136131	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_007513	CTTT	2	8	136150	136157	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
178	NC_007513	TTG	2	6	137433	137438	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
179	NC_007513	CTT	2	6	137521	137526	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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181	NC_007513	AT	3	6	138475	138480	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_007513	A	6	6	138512	138517	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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187	NC_007513	GCG	2	6	140432	140437	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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189	NC_007513	GCG	3	9	140605	140613	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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194	NC_007513	CGC	2	6	142453	142458	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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196	NC_007513	TGG	2	6	151024	151029	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
197	NC_007513	ATC	2	6	156113	156118	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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268	NC_007513	TTC	2	6	218713	218718	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
269	NC_007513	TCG	2	6	221175	221180	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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271	NC_007513	CAAC	2	8	221241	221248	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
272	NC_007513	TGA	3	9	236341	236349	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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274	NC_007513	GAAT	2	8	241164	241171	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
275	NC_007513	TG	3	6	241177	241182	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
276	NC_007513	TGA	2	6	241950	241955	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
277	NC_007513	GTT	2	6	241959	241964	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
278	NC_007513	GTG	2	6	246753	246758	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
279	NC_007513	G	6	6	246784	246789	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
280	NC_007513	AACA	2	8	253118	253125	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
281	NC_007513	TAA	2	6	253162	253167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
282	NC_007513	TCA	2	6	253199	253204	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
283	NC_007513	CT	3	6	253205	253210	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
284	NC_007513	T	6	6	253793	253798	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
285	NC_007513	TAA	2	6	253853	253858	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
286	NC_007513	TTG	2	6	253917	253922	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
287	NC_007513	AGC	2	6	253957	253962	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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289	NC_007513	TGA	2	6	254014	254019	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_007513	CAT	2	6	254147	254152	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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